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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 30 | 15 | 10 | 5 | 31:15 | 16 | 55 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 30 | 14 | 9 | 7 | 36:25 | 11 | 51 |
| 3 |
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TSV Buchbach | 30 | 13 | 10 | 7 | 32:18 | 14 | 49 |
| 4 |
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VfR Garching | 30 | 12 | 9 | 9 | 24:24 | 0 | 45 |
| 5 |
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FV Illertissen | 30 | 11 | 10 | 9 | 25:23 | 2 | 43 |
| 6 |
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SV Heimstetten | 30 | 12 | 6 | 12 | 32:33 | -1 | 42 |
| 7 |
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1. FC Nürnberg II | 30 | 10 | 11 | 9 | 24:21 | 3 | 41 |
| 8 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 30 | 9 | 13 | 8 | 22:23 | -1 | 40 |
| 9 |
|
FC Pipinsried | 30 | 11 | 7 | 12 | 23:34 | -11 | 40 |
| 10 |
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Viktoria Aschaffenburg | 30 | 10 | 9 | 11 | 30:28 | 2 | 39 |
| 11 |
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Wacker Burghausen | 30 | 9 | 11 | 10 | 21:18 | 3 | 38 |
| 12 |
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FC Memmingen | 30 | 10 | 8 | 12 | 23:27 | -4 | 38 |
| 13 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 30 | 10 | 7 | 13 | 23:24 | -1 | 37 |
| 14 |
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SpVgg Bayreuth | 30 | 9 | 9 | 12 | 24:26 | -2 | 36 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 30 | 8 | 12 | 10 | 23:25 | -2 | 36 |
| 16 |
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FC Ingolstadt 04 II | 30 | 9 | 9 | 12 | 21:25 | -4 | 36 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 30 | 6 | 12 | 12 | 19:24 | -5 | 30 |
| 18 |
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TSV 1860 Rosenheim | 30 | 6 | 10 | 14 | 15:35 | -20 | 28 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
