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| 02.03.2013 | 14:00 | SpVgg GW Deggendorf | - | SpVgg Hankofen-Hailing | 0:1 (0:0) | |
| 15:00 | SpVgg Landshut | - | SpVgg Unterhaching II | 0:0 (0:0) | ||
| 15:00 | 1. FC Sonthofen | - | Wacker Burghausen II | 2:1 (1:0) | ||
| 17.04.2013 | 18:15 | TSV Kottern-St. Mang | - | TSV Aindling | 0:1 (0:0) | |
| 01.05.2013 | 15:00 | TSV Schwabmünchen | - | Jahn Regensburg II | 1:2 (0:2) | |
| 15:00 | BC Aichach | - | SV Schalding-Heining | 1:0 (0:0) | ||
| 15:00 | FC Affing | - | FC Unterföhring | 2:1 (0:1) | ||
| 15:00 | SB DJK Rosenheim | - | TSV Gersthofen | 6:0 (1:0) | ||
| 09.05.2013 | 15:00 | VfB Eichstätt | - | SC Fürstenfeldbruck | 3:0 (1:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Landshut | 24 | 14 | 4 | 6 | 47:33 | 14 | 46 |
| 2 |
|
Wacker Burghausen II | 24 | 14 | 3 | 7 | 46:24 | 22 | 45 |
| 3 |
|
SV Schalding-Heining | 24 | 13 | 6 | 5 | 37:19 | 18 | 45 |
| 4 |
|
Jahn Regensburg II | 25 | 12 | 5 | 8 | 42:32 | 10 | 41 |
| 5 |
|
SpVgg Unterhaching II | 25 | 12 | 5 | 8 | 44:42 | 2 | 41 |
| 6 |
|
SB DJK Rosenheim | 25 | 11 | 6 | 8 | 41:28 | 13 | 39 |
| 7 |
|
FC Affing | 25 | 12 | 3 | 10 | 47:41 | 6 | 39 |
| 8 |
|
BC Aichach | 25 | 11 | 4 | 10 | 42:29 | 13 | 37 |
| 9 |
|
TSV Schwabmünchen | 25 | 10 | 7 | 8 | 29:27 | 2 | 37 |
| 10 |
|
FC Unterföhring | 24 | 9 | 8 | 7 | 35:33 | 2 | 35 |
| 11 |
|
VfB Eichstätt | 24 | 10 | 4 | 10 | 29:25 | 4 | 34 |
| 12 |
|
1. FC Sonthofen | 25 | 9 | 7 | 9 | 33:36 | -3 | 34 |
| 13 |
|
SpVgg Hankofen-Hailing | 25 | 10 | 4 | 11 | 37:43 | -6 | 34 |
| 14 |
|
BCF Wolfratshausen | 24 | 9 | 6 | 9 | 34:32 | 2 | 33 |
| 15 |
|
TSV Aindling | 25 | 7 | 4 | 14 | 28:51 | -23 | 25 |
| 16 |
|
TSV Kottern-St. Mang | 24 | 6 | 6 | 12 | 30:41 | -11 | 24 |
| 17 |
|
SpVgg GW Deggendorf | 25 | 5 | 7 | 13 | 24:39 | -15 | 22 |
| 18 |
|
SC Fürstenfeldbruck | 25 | 5 | 6 | 14 | 24:40 | -16 | 21 |
| 19 |
|
TSV Gersthofen | 25 | 5 | 5 | 15 | 27:61 | -34 | 20 |
| Aufstieg | |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Weil Wacker Burghausen für seine zweite Mannschaft keine Regionalliga-Lizenz beantragt hat, rückt Aich in die Aufstiegsplayoffs auf. |
