# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 14 8 4 2 22:10 12 28
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 14 9 0 5 32:21 11 27
3 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 15 6 5 4 15:14 1 23
4 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 14 6 1 7 16:12 4 19
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 15 3 9 3 15:14 1 18
6 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 15 4 6 5 20:20 0 18
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 15 4 4 7 14:20 -6 16
8 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 14 4 3 7 12:15 -3 15
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 14 3 5 6 18:25 -7 14
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 14 3 4 7 22:24 -2 13
11 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 14 2 7 5 14:21 -7 13
12 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 14 3 4 7 16:29 -13 13
13 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 14 2 6 6 11:17 -6 12
14 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 13 3 2 8 9:18 -9 11
15 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 14 2 5 7 7:16 -9 11
16 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 13 3 2 8 12:22 -10 11
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 14 2 5 7 13:25 -12 11
18 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 14 2 4 8 14:28 -14 10
19 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 13 1 6 6 8:23 -15 9
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 13 1 2 10 9:24 -15 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.

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