| 7. Spieltag | 20.04.2013 | JK Tallinna Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 1:3 |  |
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| 8. Spieltag | 27.04.2013 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 9. Spieltag | 06.05.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 10.05.2013 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 14. Spieltag | 31.05.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 4:3 | |
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| 22. Spieltag | 10.08.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 3:1 | |
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| 23. Spieltag | 17.08.2013 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 26. Spieltag | 02.09.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Kuressaare | 4:0 | |
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| 29. Spieltag | 21.09.2013 | FC Kuressaare | - | JK Nõmme Kalju | 0:4 | |
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| 32. Spieltag | 05.10.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:2 | |
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| 34. Spieltag | 26.10.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 4:2 | |
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| 35. Spieltag | 02.11.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Infonet | 5:0 | |
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| 36. Spieltag | 09.11.2013 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
Estland