| 1. Spieltag | 04.03.2016 | JK Tammeka | - | JK Narva Trans | 2:2 |  |
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| 5. Spieltag | 02.04.2016 | JK Narva Trans | - | Rakvere JK Tarvas | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 09.04.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 6:0 | ||||
| 8. Spieltag | 16.04.2016 | JK Narva Trans | - | Pärnu Linnameeskond | 4:0 |  |
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| 9. Spieltag | 23.04.2016 | JK Narva Trans | - | FC Infonet | 0:3 | ||||
| 10. Spieltag | 29.04.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Narva Trans | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 06.05.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 10.05.2016 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 14.05.2016 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 17.05.2016 | FC Infonet | - | JK Narva Trans | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 24.05.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 19.06.2016 | JK Narva Trans | - | JK Tammeka | 4:1 |
Estland