| 1. Spieltag | 17.07.2016 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 22.07.2016 | FV Illertissen | - | FC Augsburg II | 2:3 | ||||
| 3. Spieltag | 29.07.2016 | SV Schalding-Heining | - | FV Illertissen | 0:0 |  |
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| 7. Spieltag | 19.08.2016 | FV Illertissen | - | SV Seligenporten | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.09.2016 | FV Illertissen | - | TSV Buchbach | 2:2 | |
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| 10. Spieltag | 10.09.2016 | SpVgg Unterhaching | - | FV Illertissen | 5:0 | ||||
| 11. Spieltag | 17.09.2016 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:5 |  |
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| 12. Spieltag | 24.09.2016 | SpVgg Bayreuth | - | FV Illertissen | 4:0 | ||||
| 13. Spieltag | 01.10.2016 | FV Illertissen | - | TSV 1860 München II | 2:0 | ||||
| 14. Spieltag | 08.10.2016 | TSV 1860 Rosenheim | - | FV Illertissen | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 15.10.2016 | FV Illertissen | - | VfR Garching | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 05.11.2016 | FV Illertissen | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 12.11.2016 | FC Augsburg II | - | FV Illertissen | 2:0 |
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