| 4. Spieltag | 28.08.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 3:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.10.2016 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 05.11.2016 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 |  |
|||
| 16. Spieltag | 27.11.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2016 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 04.12.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 09.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 14.05.2017 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 | ||||
| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 4:4 | ||||
| 36. Spieltag | 31.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 |
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