| 1. Runde | 30.06.2016 | KF Shkëndija 79 | - | KS Cracovia | 2:0 | ||||
| 1. Runde | 07.07.2016 | KS Cracovia | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 |  |
|||
| 2. Runde | 14.07.2016 | Neftçi PFK | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 2. Runde | 21.07.2016 | KF Shkëndija 79 | - | Neftçi PFK | 1:0 | ||||
| 3. Runde | 28.07.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 3. Runde | 04.08.2016 | FK Mladá Boleslav | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | |
|||
| Playoffs | 25.08.2016 | KF Shkëndija 79 | - | KAA Gent | 0:4 |
Nordmazedonien