| 7. Spieltag | 25.10.1998 | Paniliakos Pyrgos | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 22.11.1998 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 1:4 | ||||
| 11. Spieltag | 29.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 12. Spieltag | 06.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 13. Spieltag | 13.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Kavala | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 23.01.1999 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 14.03.1999 | OFI Heraklion | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 | ||||
| 25. Spieltag | 28.03.1999 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.04.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 2:2 |
Albanien