| 2. Spieltag | 17.03.2012 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 4:0 |  |
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| 6. Spieltag | 07.04.2012 | FC Viljandi | - | FC Levadia | 0:3 | |
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| 8. Spieltag | 14.04.2012 | JK Tallinna Kalev | - | FC Levadia | 1:2 | |
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| 17. Spieltag | 26.06.2012 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 1:2 | |
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| 19. Spieltag | 07.08.2012 | FC Levadia | - | Paide Linnameeskond | 4:0 | |
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| 24. Spieltag | 20.08.2012 | FC Levadia | - | FC Flora | 5:4 | |
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| 25. Spieltag | 25.08.2012 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 1:1 | |
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| 33. Spieltag | 06.10.2012 | FC Levadia | - | FC Viljandi | 2:1 | |
Estland