| 19. Spieltag | 16.02.2025 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 |  |
|||
| 20. Spieltag | 23.02.2025 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 4:2 | ||||
| 21. Spieltag | 02.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | GFK Tikvesh | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 05.03.2025 | FC Struga | - | KF Shkëndija 79 | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 09.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 14.03.2025 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 31.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK AP Brera Strumica | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 06.04.2025 | GFK Tikvesh | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 13.04.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK Voska Sport | 4:0 | |
|||
| 28. Spieltag | 19.04.2025 | KF Besa Dobërdoll | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | |
|||
| 29. Spieltag | 27.04.2025 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 3:3 | ||||
| 30. Spieltag | 04.05.2025 | FC Struga | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 07.05.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:1 | |
|||
| 33. Spieltag | 17.05.2025 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 1:3 |  |
Sénégal