| 25. Spieltag | 19.08.2016 | JK Narva Trans | - | Pärnu Linnameeskond | 3:1 |  |
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| 27. Spieltag | 26.08.2016 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 10.09.2016 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 5:0 |  |
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| 29. Spieltag | 13.09.2016 | JK Narva Trans | - | JK Tammeka | 4:2 | ||||
| 30. Spieltag | 17.09.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Narva Trans | 2:1 | |
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| 31. Spieltag | 24.09.2016 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 32. Spieltag | 01.10.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Narva Trans | 0:6 |  |
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| 33. Spieltag | 15.10.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 35. Spieltag | 29.10.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 1:7 |
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