| 4. Spieltag | 20.03.2012 | FC Levadia | - | FC Flora | 1:1 |  |
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| 3. Spieltag | 24.03.2012 | FC Flora | - | JK Tammeka | 4:0 | |
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| 6. Spieltag | 07.04.2012 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:3 | |
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| 17. Spieltag | 26.06.2012 | FC Flora | - | FC Viljandi | 5:0 | |
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| 30. Spieltag | 22.09.2012 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:3 | |
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| 33. Spieltag | 06.10.2012 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 3:1 | |
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| 34. Spieltag | 20.10.2012 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 36. Spieltag | 03.11.2012 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 2:2 | |
Estland