| 3. Spieltag | 19.08.2023 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 17.09.2023 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 5:1 | ||||
| 10. Spieltag | 21.10.2023 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:2 |  |
|||
| 12. Spieltag | 03.11.2023 | SV 07 Elversberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 18. Spieltag | 20.01.2024 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2024 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2024 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 3:4 | ||||
| 24. Spieltag | 01.03.2024 | FC Schalke 04 | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2024 | FC St. Pauli | - | Hertha BSC | 2:0 | ||||
| 26. Spieltag | 16.03.2024 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | |
|||
| 27. Spieltag | 31.03.2024 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 06.04.2024 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 29. Spieltag | 14.04.2024 | FC St. Pauli | - | SV 07 Elversberg | 3:4 | ||||
| 30. Spieltag | 21.04.2024 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 26.04.2024 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 12.05.2024 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 3:1 | |
|||
| 34. Spieltag | 19.05.2024 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 1:2 |
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