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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 36 | 20 | 10 | 6 | 39:14 | 25 | 70 |
| 2 |
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Preußen Münster | 36 | 18 | 15 | 3 | 36:13 | 23 | 69 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 36 | 17 | 13 | 6 | 31:16 | 15 | 64 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 36 | 17 | 12 | 7 | 37:26 | 11 | 63 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 36 | 14 | 18 | 4 | 39:14 | 25 | 60 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 36 | 13 | 12 | 11 | 30:26 | 4 | 51 |
| 7 |
|
Wacker Burghausen | 36 | 12 | 14 | 10 | 21:23 | -2 | 50 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 36 | 11 | 16 | 9 | 31:27 | 4 | 49 |
| 9 |
|
1. FC Saarbrücken | 36 | 12 | 12 | 12 | 29:32 | -3 | 48 |
| 10 |
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Kickers Offenbach | 36 | 10 | 15 | 11 | 23:24 | -1 | 45 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 36 | 11 | 11 | 14 | 21:20 | 1 | 44 |
| 12 |
|
Stuttgarter Kickers | 36 | 10 | 11 | 15 | 21:25 | -4 | 41 |
| 13 |
|
Hallescher FC | 36 | 9 | 13 | 14 | 21:29 | -8 | 40 |
| 14 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 36 | 10 | 10 | 16 | 21:33 | -12 | 40 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 36 | 8 | 15 | 13 | 21:29 | -8 | 39 |
| 16 |
|
SV Babelsberg 03 | 36 | 6 | 19 | 11 | 13:21 | -8 | 37 |
| 17 |
|
Alemannia Aachen | 36 | 8 | 13 | 15 | 26:40 | -14 | 37 |
| 18 |
|
Hansa Rostock | 36 | 7 | 15 | 14 | 17:31 | -14 | 36 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 36 | 6 | 14 | 16 | 17:34 | -17 | 32 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 36 | 6 | 12 | 18 | 15:32 | -17 | 30 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
