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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 29 | 12 | 14 | 3 | 19:8 | 11 | 50 |
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Kickers Emden | 29 | 13 | 11 | 5 | 19:8 | 11 | 50 | |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 29 | 12 | 12 | 5 | 24:11 | 13 | 48 |
| 4 |
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VfB Stuttgart II | 29 | 12 | 8 | 9 | 23:14 | 9 | 44 |
| 5 |
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SpVgg Unterhaching | 29 | 11 | 11 | 7 | 24:16 | 8 | 44 |
| 6 |
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SV Sandhausen | 29 | 11 | 11 | 7 | 18:14 | 4 | 44 |
| 7 |
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Eintracht Braunschweig | 29 | 11 | 9 | 9 | 19:16 | 3 | 42 |
| 8 |
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Bayern München II | 29 | 8 | 16 | 5 | 13:11 | 2 | 40 |
| 9 |
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Rot-Weiß Erfurt | 29 | 8 | 14 | 7 | 19:15 | 4 | 38 |
| 10 |
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Fortuna Düsseldorf | 29 | 8 | 13 | 8 | 15:14 | 1 | 37 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 29 | 7 | 16 | 6 | 17:21 | -4 | 37 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 29 | 8 | 12 | 9 | 11:12 | -1 | 36 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 29 | 7 | 14 | 8 | 15:17 | -2 | 35 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 29 | 6 | 14 | 9 | 15:17 | -2 | 32 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 29 | 3 | 19 | 7 | 15:21 | -6 | 28 |
| 16 |
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Dynamo Dresden | 29 | 4 | 16 | 9 | 13:19 | -6 | 28 |
| 17 |
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Wacker Burghausen | 29 | 5 | 13 | 11 | 12:19 | -7 | 28 |
| 18 |
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FC Carl Zeiss Jena | 29 | 5 | 13 | 11 | 8:21 | -13 | 28 |
| 19 |
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Jahn Regensburg | 29 | 5 | 11 | 13 | 7:18 | -11 | 26 |
| 20 |
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VfR Aalen | 29 | 3 | 15 | 11 | 7:21 | -14 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
