| 23. Spieltag | 03.02.2024 | EA Guingamp | - | FC Annecy | 1:4 | ||||
| 24. Spieltag | 10.02.2024 | FC Annecy | - | US Concarneau | 0:3 |  |
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| 25. Spieltag | 17.02.2024 | FC Annecy | - | AJ Auxerre | 0:2 | |
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| 26. Spieltag | 24.02.2024 | AS Saint-Étienne | - | FC Annecy | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 02.03.2024 | FC Annecy | - | US Quevilly-Rouen | 0:0 | |
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| 28. Spieltag | 09.03.2024 | AC Ajaccio | - | FC Annecy | 1:3 | ||||
| 30. Spieltag | 30.03.2024 | USL Dunkerque | - | FC Annecy | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 06.04.2024 | FC Annecy | - | Valenciennes FC | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 13.04.2024 | Stade Lavallois | - | FC Annecy | 0:3 | ||||
| 33. Spieltag | 20.04.2024 | FC Annecy | - | Grenoble Foot 38 | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 23.04.2024 | SM Caen | - | FC Annecy | 2:1 | |
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| 35. Spieltag | 27.04.2024 | FC Annecy | - | SC Bastia | 3:2 |  |
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| 37. Spieltag | 10.05.2024 | FC Annecy | - | Angers SCO | 1:2 |  |
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| 38. Spieltag | 17.05.2024 | ESTAC Troyes | - | FC Annecy | 1:1 |
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