| 1. Spieltag | 05.08.2018 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 2. Spieltag | 10.08.2018 | FC St. Pauli | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 |  |
|||
| 4. Spieltag | 02.09.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 3:5 | ||||
| 5. Spieltag | 16.09.2018 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 01.12.2018 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 10.12.2018 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 15.12.2018 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 29.01.2019 | SV Darmstadt 98 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 04.02.2019 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 3:2 | ||||
| 22. Spieltag | 16.02.2019 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2019 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | |
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| 24. Spieltag | 02.03.2019 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2019 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV | 0:4 | ||||
| 27. Spieltag | 29.03.2019 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 0:0 | |
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| 28. Spieltag | 06.04.2019 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 2:1 |
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