| 16. Spieltag | 04.12.1999 | Croatia Zagreb | - | NK Istra Pula | 3:1 |  |
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| 18. Spieltag | 26.02.2000 | HNK Šibenik | - | NK Istra Pula | 0:1 | |
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| 19. Spieltag | 29.02.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 1:0 | |
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| 23. Spieltag | 18.03.2000 | NK Zagreb | - | NK Istra Pula | 4:1 | ||||
| 24. Spieltag | 25.03.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 2:1 | |
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| 29. Spieltag | 24.04.2000 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Istra Pula | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2000 | NK Varteks | - | NK Istra Pula | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Cibalia | 0:1 | |
Kroatien