| 2. Spieltag | 05.08.2016 | Fortuna Köln | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2016 | Fortuna Köln | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Fortuna Köln | 2:3 |  |
|||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | FSV Frankfurt | - | Fortuna Köln | 6:0 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | Fortuna Köln | - | VfR Aalen | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 17.12.2016 | Fortuna Köln | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 25.02.2017 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 03.03.2017 | Chemnitzer FC | - | Fortuna Köln | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 11.03.2017 | Fortuna Köln | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | Fortuna Köln | - | MSV Duisburg | 0:3 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Fortuna Köln | 4:0 |
Deutschland
