| 1. Spieltag | 24.07.2016 | FC Thun | - | FC Vaduz | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 31.07.2016 | FC Lausanne-Sport | - | FC Thun | 4:4 | ||||
| 3. Spieltag | 06.08.2016 | BSC Young Boys | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 9. Spieltag | 25.09.2016 | FC Thun | - | FC Lugano | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2016 | FC Basel 1893 | - | FC Thun | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 15.10.2016 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | FC Vaduz | - | FC Thun | 2:3 | ||||
| 13. Spieltag | 30.10.2016 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 19.11.2016 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Thun | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 26.11.2016 | FC Thun | - | FC Luzern | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 01.04.2017 | FC Sion | - | FC Thun | 2:1 |  |
|||
| 27. Spieltag | 08.04.2017 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 2:4 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2017 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2017 | FC Thun | - | FC Luzern | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 14.05.2017 | FC Basel 1893 | - | FC Thun | 3:3 | ||||
| 33. Spieltag | 17.05.2017 | FC Thun | - | Grasshopper Club Zürich | 3:1 |  |
|||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | FC Lausanne-Sport | - | FC Thun | 0:0 | ||||
| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FC Thun | - | BSC Young Boys | 0:0 | ||||
| 36. Spieltag | 02.06.2017 | FC Vaduz | - | FC Thun | 1:3 |
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