| 6. Spieltag | 06.09.2011 | Eintracht Frankfurt II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 |  |
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| 27. Spieltag | 07.04.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wormatia Worms | 0:4 | ||||
| 29. Spieltag | 14.04.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 20.04.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 0:0 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2012 | Stuttgarter Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 11.05.2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 34. Spieltag | 18.05.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Karlsruher SC II | 2:3 |
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