| 12. Spieltag | 08.11.2008 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Karlsruher SC II | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | Karlsruher SC II | - | Waldhof Mannheim | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 21.11.2008 | Eintracht Frankfurt II | - | Karlsruher SC II | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 30.11.2008 | Karlsruher SC II | - | SSV Reutlingen | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Karlsruher SC II | - | TSV Großbardorf | 2:1 |  |
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| 18. Spieltag | 20.12.2008 | Karlsruher SC II | - | SV Darmstadt 98 | 0:2 | ||||
| 20. Spieltag | 03.03.2009 | Karlsruher SC II | - | SpVgg Unterhaching II | 0:4 | |
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| 24. Spieltag | 28.03.2009 | SSV Ulm 1846 | - | Karlsruher SC II | 6:1 | ||||
| 28. Spieltag | 02.05.2009 | SC Freiburg II | - | Karlsruher SC II | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 23.05.2009 | SSV Reutlingen | - | Karlsruher SC II | 1:3 | ||||
| 19. Spieltag | 26.05.2009 | SV Wehen Wiesbaden II | - | Karlsruher SC II | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 30.05.2009 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | TSV Großbardorf | - | Karlsruher SC II | 1:3 |
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