| 7. Spieltag | 01.09.2009 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:4 | ||||
| 8. Spieltag | 06.09.2009 | Bayern München II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 27.09.2009 | Bayern München II | - | Erzgebirge Aue | 2:3 |  |
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| 12. Spieltag | 03.10.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:0 | |
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| 13. Spieltag | 17.10.2009 | Bayern München II | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 24.10.2009 | Borussia Dortmund II | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 15. Spieltag | 31.10.2009 | Bayern München II | - | Holstein Kiel | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 07.11.2009 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:1 |
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