| 19. Spieltag | 05.02.2017 | FC Aarau | - | FC Schaffhausen | 2:2 |  |
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| 21. Spieltag | 19.02.2017 | Servette FC | - | FC Schaffhausen | 3:2 | |
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| 22. Spieltag | 25.02.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Winterthur | 2:1 | |
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| 20. Spieltag | 01.03.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Wil 1900 | 3:0 | |
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| 23. Spieltag | 04.03.2017 | Neuchâtel Xamax FCS | - | FC Schaffhausen | 0:2 | |
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| 24. Spieltag | 11.03.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Le Mont | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 19.03.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Wohlen | 3:2 | |
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| 26. Spieltag | 01.04.2017 | FC Zürich | - | FC Schaffhausen | 2:1 | |
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| 27. Spieltag | 08.04.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Chiasso | 5:0 | |
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| 28. Spieltag | 17.04.2017 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 0:1 |  |
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| 29. Spieltag | 23.04.2017 | FC Le Mont | - | FC Schaffhausen | 0:2 | |
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| 30. Spieltag | 01.05.2017 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 07.05.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 33. Spieltag | 18.05.2017 | FC Schaffhausen | - | Neuchâtel Xamax FCS | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | |
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| 35. Spieltag | 27.05.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Zürich | 0:4 | ||||
| 36. Spieltag | 03.06.2017 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 |
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