| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Eintracht Frankfurt II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 30.08.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:4 | ||||
| 4. Spieltag | 13.09.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | TSV Großbardorf | 3:2 | ||||
| 7. Spieltag | 05.10.2008 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:4 | ||||
| 8. Spieltag | 18.10.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Karlsruher SC II | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 25.10.2008 | 1. FC Nürnberg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Pfullendorf | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Viktoria Aschaffenburg | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.11.2008 | Hessen Kassel | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 3:1 |
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