| 4. Spieltag | 13.09.2008 | 1. FC Kleve | - | FC Schalke 04 II | 3:2 |  |
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| 8. Spieltag | 17.10.2008 | FSV Oggersheim | - | FC Schalke 04 II | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 3:3 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | VfL Bochum II | - | FC Schalke 04 II | 0:3 | ||||
| 15. Spieltag | 28.11.2008 | Eintracht Trier | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 03.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 3:3 | ||||
| 16. Spieltag | 07.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | BV Cloppenburg | 1:2 | ||||
| 17. Spieltag | 12.12.2008 | Wormatia Worms | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 18. Spieltag | 19.12.2008 | Preußen Münster | - | FC Schalke 04 II | 3:0 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 28.03.2009 | SV 07 Elversberg | - | FC Schalke 04 II | 4:1 | ||||
| 27. Spieltag | 25.04.2009 | FC Schalke 04 II | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | |
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