| 1. Spieltag | 15.03.2009 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 |  |
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| 6. Spieltag | 26.04.2009 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | |
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| 7. Spieltag | 02.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:1 | |
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| 8. Spieltag | 11.05.2009 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | |
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| 9. Spieltag | 17.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 23.05.2009 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 30.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 2:3 | |
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| 12. Spieltag | 14.06.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:2 | |
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| 13. Spieltag | 12.07.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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