| 2. Spieltag | 18.08.2013 | Hannover 96 [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 07.09.2013 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hamburger SV [B-Junioren] | 1:2 |  |
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| 3. Spieltag | 28.09.2013 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Werder Bremen [B-Junioren] | 1:4 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2013 | RB Leipzig [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 02.11.2013 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Energie Cottbus [B-Junioren] | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 17.11.2013 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | VfL Osnabrück [B-Junioren] | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 08.02.2014 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hannover 96 [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 16.02.2014 | Werder Bremen [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 08.03.2014 | Hamburger SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 06.04.2014 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | RB Leipzig [B-Junioren] | 1:3 | ||||
| 26. Spieltag | 15.06.2014 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Dynamo Dresden [B-Junioren] | 0:1 |
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