| 2. Spieltag | 09.08.2003 | FC Schalke 04 II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 |  |
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| 3. Spieltag | 16.08.2003 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | |
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| 4. Spieltag | 23.08.2003 | Borussia Dortmund II | - | Sachsen Leipzig | 4:4 | |
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| 5. Spieltag | 31.08.2003 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | |
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| 6. Spieltag | 07.09.2003 | Borussia Dortmund II | - | Werder Bremen II | 2:1 | |
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| 7. Spieltag | 13.09.2003 | VfR Neumünster | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | |
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| 8. Spieltag | 20.09.2003 | Borussia Dortmund II | - | KFC Uerdingen 05 | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 10.10.2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 21.10.2003 | Borussia Dortmund II | - | Dynamo Dresden | 1:1 | |
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| 13. Spieltag | 25.10.2003 | Wuppertaler SV | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | |
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| 16. Spieltag | 15.11.2003 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiss Essen | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 07.03.2004 | Sachsen Leipzig | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | |
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