| 21. Spieltag | 09.01.2000 | CD Tenerife | - | Córdoba CF | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 16.01.2000 | Sporting Gijón | - | Córdoba CF | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 22.01.2000 | Córdoba CF | - | Recreativo Huelva | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 30.01.2000 | CD Toledo | - | Córdoba CF | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 06.02.2000 | Córdoba CF | - | CP Mérida | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 13.02.2000 | Atlético Madrid B | - | Córdoba CF | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 20.02.2000 | Córdoba CF | - | CD Leganés | 2:1 | ||||
| 29. Spieltag | 05.03.2000 | Córdoba CF | - | SD Compostela | 1:0 | ||||
| 36. Spieltag | 22.04.2000 | Córdoba CF | - | CD Badajoz | 0:4 | ||||
| 37. Spieltag | 30.04.2000 | Getafe CF | - | Córdoba CF | 0:1 | ||||
| 38. Spieltag | 06.05.2000 | Córdoba CF | - | SD Eibar | 1:1 |
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