| 9. Spieltag | 15.10.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 10. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 16.12.2016 | TSV 1860 München | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 04.02.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Nürnberg | 2:3 | ||||
| 20. Spieltag | 11.02.2017 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 |  |
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| 21. Spieltag | 17.02.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfB Stuttgart | 1:2 | |
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| 22. Spieltag | 25.02.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 05.03.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Sandhausen | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 17.03.2017 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:2 | ||||
| 27. Spieltag | 05.04.2017 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | |
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| 33. Spieltag | 14.05.2017 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | TSV 1860 München | 2:1 | |
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