| 3. Spieltag | 12.08.2006 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 19.08.2006 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2006 | Hertha BSC II | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 02.09.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 23.09.2006 | Kickers Emden | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 27.10.2006 | FC St. Pauli | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2006 | Rot Weiss Ahlen | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 08.11.2006 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 11.11.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 17.11.2006 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 |
Deutschland