| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Borussia Dortmund II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:1 |  |
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| 2. Spieltag | 23.08.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | |
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| 3. Spieltag | 31.08.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 12.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 |  |
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| 5. Spieltag | 20.09.2008 | VfL Bochum II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 | |
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| 6. Spieltag | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 | |
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| 7. Spieltag | 03.10.2008 | Eintracht Trier | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:2 | |
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| 14. Spieltag | 02.12.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | |
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| 24. Spieltag | 27.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Eintracht Trier | 1:0 | |
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