| 2. Spieltag | 23.08.2008 | Preußen Münster | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 26.10.2008 | Preußen Münster | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 |  |
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| 10. Spieltag | 29.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | Preußen Münster | - | 1. FC Kleve | 1:0 | |
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| 12. Spieltag | 09.11.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 14.11.2008 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 5:1 | |
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| 14. Spieltag | 21.11.2008 | SV 07 Elversberg | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 28.11.2008 | Preußen Münster | - | FSV Oggersheim | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 06.12.2008 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 17. Spieltag | 12.12.2008 | Preußen Münster | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | ||||
| 18. Spieltag | 19.12.2008 | Preußen Münster | - | FC Schalke 04 II | 3:0 |  |
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| 34. Spieltag | 06.06.2009 | Sportfreunde Lotte | - | Preußen Münster | 1:2 |
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