| 16. Spieltag | 22.02.2009 | FC Locarno | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 01.03.2009 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 19.04.2009 | FC Schaffhausen | - | Yverdon Sport FC | 1:0 |  |
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| 25. Spieltag | 27.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lugano | 2:2 | |
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| 26. Spieltag | 02.05.2009 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | ||||
| 27. Spieltag | 09.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 17.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Biel/Bienne | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 24.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 28.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Schaffhausen | 3:0 |  |
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