| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Viktoria Aschaffenburg | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 23.08.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:3 |  |
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| 3. Spieltag | 30.08.2008 | Waldhof Mannheim | - | SC Freiburg II | 3:2 | |
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| 4. Spieltag | 13.09.2008 | SC Freiburg II | - | Eintracht Frankfurt II | 0:3 | |
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| 5. Spieltag | 20.09.2008 | SSV Reutlingen | - | SC Freiburg II | 4:0 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:3 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | SC Pfullendorf | - | SC Freiburg II | 5:0 | ||||
| 14. Spieltag | 22.11.2008 | SC Freiburg II | - | SSV Ulm 1846 | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 29.11.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 06.12.2008 | SC Freiburg II | - | TSV 1860 München II | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Hessen Kassel | - | SC Freiburg II | 2:1 |
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