| 1. Spieltag | 18.07.2016 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 3. Spieltag | 30.07.2016 | VfR Garching | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 02.08.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 1:5 | ||||
| 5. Spieltag | 06.08.2016 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:3 |  |
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| 6. Spieltag | 12.08.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 27.08.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.09.2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 11.09.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:3 | |
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| 15. Spieltag | 15.10.2016 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:1 | ||||
| 16. Spieltag | 22.10.2016 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 27.11.2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:0 | |
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| 24. Spieltag | 18.03.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 |
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