| 1. Spieltag | 15.08.2008 | 1. FC Köln II | - | Eintracht Trier | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 24.08.2008 | BV Cloppenburg | - | 1. FC Köln II | 1:3 |  |
|||
| 3. Spieltag | 30.08.2008 | 1. FC Köln II | - | Wormatia Worms | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 13.09.2008 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2008 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 7. Spieltag | 04.10.2008 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kleve | 2:1 | ||||
| 12. Spieltag | 07.11.2008 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.2009 | Wormatia Worms | - | 1. FC Köln II | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 17.03.2009 | 1. FC Köln II | - | BV Cloppenburg | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 21.03.2009 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 27.03.2009 | 1. FC Kleve | - | 1. FC Köln II | 2:5 | ||||
| 21. Spieltag | 01.04.2009 | 1. FC Köln II | - | Preußen Münster | 1:0 |
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