| 2. Spieltag | 23.08.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Kleve | 6:0 |  |
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| 14. Spieltag | 02.12.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 05.12.2008 | SV 07 Elversberg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 21.02.2009 | Sportfreunde Lotte | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:1 | |
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| 20. Spieltag | 28.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfL Bochum II | 2:3 |  |
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| 29. Spieltag | 09.05.2009 | SC Verl | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:3 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:2 | ||||
| 32. Spieltag | 22.05.2009 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:2 | |
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| 33. Spieltag | 30.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV 07 Elversberg | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | FSV Oggersheim | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:3 |
Deutschland