| 1. Spieltag | 21.07.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Karlsruher SC | 2:2 | ||||
| 5. Spieltag | 11.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 |  |
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| 19. Spieltag | 24.11.2012 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 01.12.2012 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 5:2 | ||||
| 22. Spieltag | 15.12.2012 | Stuttgarter Kickers | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | |
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| 23. Spieltag | 26.01.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 30.01.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 09.02.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 16.02.2013 | Chemnitzer FC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 |
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