| 1. Spieltag | 14.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 2:2 |  |
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| 2. Spieltag | 17.08.2016 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | RB Leipzig [A-Junioren] | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 21.08.2016 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | VfL Osnabrück [A-Junioren] | 1:2 | ||||
| 4. Spieltag | 27.08.2016 | Hertha BSC [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 6:3 | ||||
| 5. Spieltag | 11.09.2016 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | Hannover 96 [A-Junioren] | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 16.09.2016 | Hamburger SV [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 3:1 |
Deutschland