| 8. Spieltag | 10.09.2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 15.10.2016 | FC DAC 1904 | - | MŠK Žilina | 0:6 | ||||
| 14. Spieltag | 30.10.2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 06.11.2016 | MŠK Žilina | - | Spartak Trnava | 7:0 |  |
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| 16. Spieltag | 20.11.2016 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | annull. | ||||
| 17. Spieltag | 26.11.2016 | MŠK Žilina | - | Slovan Bratislava | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 03.12.2016 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 3:0 | |
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| 19. Spieltag | 11.12.2016 | MŠK Žilina | - | MFK Zemplín Michalovce | 7:1 | |
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| 20. Spieltag | 18.02.2017 | FK Senica | - | MŠK Žilina | 2:0 |
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