| 16. Spieltag | 15.03.2025 | FC Uster | - | FC Schaffhausen II | 3:4 |  |
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| 17. Spieltag | 22.03.2025 | FC Schaffhausen II | - | FC Wil 1900 II | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 29.03.2025 | KF Dardania St. Gallen | - | FC Schaffhausen II | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 05.04.2025 | FC Schaffhausen II | - | FC Seefeld Zürich | 3:2 | |
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| 20. Spieltag | 13.04.2025 | FC Altstätten | - | FC Schaffhausen II | 1:3 | |
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| 22. Spieltag | 27.04.2025 | FC Widnau | - | FC Schaffhausen II | 0:3 | |
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| 23. Spieltag | 30.04.2025 | FC Schaffhausen II | - | FC Bülach | 1:3 | ||||
| 24. Spieltag | 03.05.2025 | FC Arbon 05 | - | FC Schaffhausen II | 2:7 | |
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| 25. Spieltag | 09.05.2025 | Chur 97 | - | FC Schaffhausen II | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 17.05.2025 | FC Schaffhausen II | - | FC Gossau | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 24.05.2025 | FC Red Star Zürich | - | FC Schaffhausen II | 1:4 | |
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| 29. Spieltag | 11.06.2025 | FC Balzers | - | FC Schaffhausen II | -:- | |
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