| 20. Spieltag | 04.02.2012 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 12.02.2012 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 17.02.2012 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:1 |  |
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| 23. Spieltag | 26.02.2012 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 25. Spieltag | 12.03.2012 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 18.03.2012 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 25.03.2012 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 02.04.2012 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 07.04.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 30. Spieltag | 10.04.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 13.04.2012 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 29.04.2012 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 06.05.2012 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 5:0 | |
Deutschland
