| 14. Spieltag | 15.02.2009 | FC Locarno | - | FC Gossau | 3:4 | ||||
| 17. Spieltag | 28.02.2009 | FC Lausanne-Sport | - | FC Gossau | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 08.03.2009 | FC Gossau | - | FC Lugano | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 15.03.2009 | FC Winterthur | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 28.03.2009 | FC Gossau | - | FC Wil 1900 | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 03.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 23. Spieltag | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 | ||||
| 24. Spieltag | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 26. Spieltag | 02.05.2009 | FC Gossau | - | Yverdon Sport FC | 0:4 |  |
|||
| 27. Spieltag | 09.05.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Gossau | 4:1 |  |
|||
| 28. Spieltag | 16.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Gossau | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 24.05.2009 | FC Gossau | - | FC Locarno | 0:4 | |
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