| 6. Spieltag | 25.08.2012 | Preußen Münster | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 21.09.2012 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |  |
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| 11. Spieltag | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 14. Spieltag | 20.10.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfL Osnabrück | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 16.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 24.11.2012 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | |
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| 20. Spieltag | 01.12.2012 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 5:2 | ||||
| 22. Spieltag | 15.12.2012 | Stuttgarter Kickers | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 02.02.2013 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 | ||||
| 27. Spieltag | 23.02.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Darmstadt 98 | 3:0 | |
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| 28. Spieltag | 02.03.2013 | Hansa Rostock | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 29. Spieltag | 09.03.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 16.03.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 35. Spieltag | 27.04.2013 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 |
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