| 1. Spieltag | 30.07.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FSV Zwickau | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 06.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 10.08.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfL Osnabrück | 2:2 |  |
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| 4. Spieltag | 13.08.2016 | MSV Duisburg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Preußen Münster | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Werder Bremen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 21.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Holstein Kiel | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | Chemnitzer FC | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:1 |
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