| 1. Spieltag | 14.08.2016 | Bayern München [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 17.08.2016 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | 1. FC Nürnberg [A-Junioren] | 3:2 |  |
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| 5. Spieltag | 10.09.2016 | VfB Stuttgart [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 18.09.2016 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | SpVgg Greuther Fürth [A-Junioren] | 0:6 | ||||
| 16. Spieltag | 05.02.2017 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | FC Augsburg [A-Junioren] | 2:2 | ||||
| 17. Spieltag | 12.02.2017 | FC Ingolstadt 04 [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 19.02.2017 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | VfB Stuttgart [A-Junioren] | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 25.02.2017 | SpVgg Greuther Fürth [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 0:2 | ||||
| 20. Spieltag | 04.03.2017 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | Eintracht Frankfurt [A-Junioren] | 4:4 |  |
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| 21. Spieltag | 12.03.2017 | Karlsruher SC [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 01.04.2017 | Stuttgarter Kickers [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 1:2 |
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