| 1. Spieltag | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 29.07.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
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| 3. Spieltag | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 | ||||
| 4. Spieltag | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 7. Spieltag | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | |
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| 8. Spieltag | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 20.09.2009 | Eintracht Braunschweig | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | |
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| 28. Spieltag | 27.04.2010 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 37. Spieltag | 30.04.2010 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 08.05.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Stuttgart II | 1:2 |
Deutschland